ผลการจับสลากฟุตบอลช้าง เอฟเอ คัพ รอบ 16 ทีมสุดท้าย มีดังต่อไปนี้
การท่าเรือ เอฟซี พบ บุรีรัมย์ ยูไนเต็ด
เมืองเลย ยูไนเต็ด พบ (ผู้ชนะ ระหว่าง สิงห์ เชียงราย ยูไนเต็ด กับ สุโขทัย เอฟซี)
ชลบุรี เอฟซี พบ สุพรรณบุรี เอฟซี
อุดร ยูไนเต็ด พบ ทรู แบงค็อก ยูไนเต็ด
เอสซีจี เมืองทอง ยูไนเต็ด พบ สมุทรปราการ ซิตี้
สงขลา เอฟซี พบ ราชบุรี มิตรผล เอฟซี
ตราด เอฟซี พบ เชียงใหม่ เอฟซี
เมืองกาญจน์ ยูไนเต็ด พบ หนองบัว พิชญ เอฟซี
ขณะที่กติกาการแข่งขันในรอบนี้ ในเวลาปกติ แข่งขัน 90 นาที ครึ่งละ 45 นาที พักครึ่ง 15 นาที หากเสมอกันจะมีการต่อเวลาพิเศษ 30 นาที และถ้าเสมอกันอีกจะใช้การดวลจุดโทษตัดสิน โดยใช้การยิงแบบ ABAB สำหรับโควต้านักกีฬาต่างชาติเป็น 3+1+1 (ต่างชาติ 3 + เอเชีย 1 + อาเซียน 1) โดยการเปลี่ยนตัวนักกีฬา สามารถเปลี่ยนตัวนักกีฬาสำรองได้ 3 คน
ทั้งนี้ การแข่งขัน ช้าง เอฟเอ คัพ 2020 รอบ 16 ทีมสุดท้าย จะแข่งขันในวันที่ 13 มกราคม 2564 โดยทีมที่ชนะเลิศรายการนี้ จะได้รับเงินรางวัล 5 ล้านบาท และยังได้รับสิทธิ์ร่วมแข่งขันฟุตบอลเอเอฟซี แชมเปี้ยนส์ ลีก รอบแบ่งกลุ่ม ในปี 2022
